แต่อาณาจักรอันของพระองค์ก็มีอายุที่สั้น เมื่อพระเจ้านันทบุเรงขึ้นครองราชย์ต่อจากพระราชบิดา พระองค์มิได้มีอำนาจบารมีเทียบเท่าพระเจ้าบุเรงนอง เจ้าเมืองอื่นที่เคยอ่อนน้อมก็พากันแข็งข้อ ซึ่งพระองค์ก็ทรงปราบปราม โดยมีการอ้างว่าพระองค์ได้สั่งประหารประชาชนกว่า 4 พันรายที่เกี่ยวข้องกับการวางแผนกบฏของเจ้าเมืองอังวะ