ความขัดแย้งทางศาสนาระหว่างนิกายรามัญกับนิกายสีหลได้ลุกลามบานปลาย กระทั่งราชสำนักเชียงใหม่คือ พญาสามฝั่งแกนต้องออกมาระงับเหตุเพราะทรงเห็นว่าการทะเลาะวิวาทของคณะสงฆ์ทั้งสองฝ่ายรังแต่จะทำให้เกิดความสับสนในหมู่ชาวพุทธ จึงทรงให้ทั้งสองฝ่ายผูกแพขนานกลางแม่น้ำปิงอันถือเป็นเขตนอกอาณาจักรแล้วให้ทั้งสองฝ่ายประชุมสงฆ์เพื่อถกเถียงข้อพิพาทกันในเรื่องหลักธรรมและพระวินัยว่าฝ่ายใดถูกต้องตามพุทธบัญญัติ ในที่สุดฝ่ายนิกายสีหลเป็นฝ่ายชนะ แต่พญาสามฝั่งแกนและพระเถระในเมืองเชียงใหม่ส่วนใหญ่สนับสนุนฝ่ายนิกายรามัญเชื่อว่าปัญหาต่างๆที่เกิดขึ้นเพราะฝ่ายนิกายสีหลเป็นผู้ก่อ ดังนั้นพญาสามฝั่งแกนจึงทรงขับไล่พระสงฆ์ฝ่ายนิกายสีหลออกจากเมืองเชียงใหม่เพื่อยุติปัญหาดังกล่าว
พระมหาญาณคัมภีร์พร้อมคณะสงฆ์นิกายสีหลจึงเดินทางออกจากเมืองเชียงใหม่ในปีพ.ศ. 1981โดยไปเผยแผ่พุทธศาสนาลังกาวงศ์นิกายสีหลที่เมืองเชียงแสน พะเยา เชียงราย เชียงตุงและลำปาง ซึ่งใช้เวลาไม่นานนักก็สามารถวางรากฐานพุทธศาสนาลังกาวงศ์นิกายสีหลในหัวเมืองเหล่านี้ได้อย่างมั่นคงจนเจริญรุ่งเรืองในเวลาต่อมา
แม้ว่าขณะนั้นอิทธิพลของฝ่ายนิกายรามัญจะครอบคลุมไปทั่วล้านนาแล้วก็ตาม จะเห็นได้ว่า ในเมืองพะเยาช่วงสมัยอาวเลี้ยงพญาสามฝั่งแกนมาเป็นเจ้าสี่หมื่นพะเยาเมื่อปีพ.ศ.1954 ได้มา
สร้างวัดสุวรรณมหาวิหาร ซึ่งเป็นวัดประธานฝ่ายนิกายรามัญพร้อมกับลูกวัดอีก 42 วัดแสดงให้เห็นถึง ความเจริญมั่นคงพุทธศาสนาฝ่ายนิกายรามัญที่ยังมีคนเลื่อมใสศรัทธาอยู่มากโดยมีชนชั้นปกครองหรือสถาบันกษัตริย์สนับสนุนอยู่
ต่อมาเมื่อถึงสมัยพระเจ้าติโลกราช ครองเมืองเชียงใหม่พระองค์ทรงมีความเลื่อมใสศรัทธาฝ่ายนิกายสีหลมาก เพราะทรงเชื่อว่าเป็นพุทธศาสนาที่บริสุทธิ์อย่างแท้จริง และไม่เชื่อว่าฝ่ายนิกายรามัญจะบริสุทธิ์ ด้วยเหตุผลนี้จึงเข้าใจว่า น่าเป็นสาเหตุหนึ่งทำให้พระเจ้าติโลกราชทรงสั่งรื้อถอนสีมาและทำลายจารึกวัดทั้งหมดในล้านนาแล้วให้ทำพิธีผูกพัทธสีมาใหม่พร้อมกับปวารนาอุทิศถวายข้าวของในวัดกันใหม่ เพราะทรงเห็นว่า การอุทิศข้าวของให้พวกอลัชชี(พระสงฆ์ฝ่ายนิกายรามัญ)ไม่มีผลและไม่ได้บุญ
ดังนั้นจะเห็นได้ว่าจารึกในเมืองเชียงใหม่หรือในล้านนาส่วนใหญ่จะมีอายุหลังสมัยพระเจ้าติโลกราชลงมาแทบทั้งสิ้น จะหลงเหลือเพียงไม่กี่หลักเท่านั้นที่รอดจากการถูกทำลายเช่น จารึกวัดพระยืน จ.ลำพูน พ.ศ.1912 ที่มีอายุสร้างก่อนสมัยพระเจ้าติโลกราช ส่วนในเมืองพะเยาได้พบหลักฐานดังปรากฏข้อความอยู่ในจารึก พย.3และพย.46 ว่า ปีพ.ศ. 2033 เจ้าสี่หมื่นผู้เป็นอาวเลี้ยงปู่พระฯได้สั่งทำลายสีมาเก่าออกแล้วผูกสีมาใหม่ และอีกหลักฐานหนึ่งที่เป็นข้อยืนยันว่า ได้มีการสั่งทำลายจารึกจริงคือ การขุดพบเศษชิ้นส่วนจารึกจำนวนมากในบริเวณวัดสบร่องขุย ซึ่งเป็นวัดร้างโบราณ ต.ท่าวังทอง อ.เมือง จ.พะเยา สภาพถูกทุบทำลายเป็นก้อนเล็กๆจำนวนหลายร้อยก้อน มาจากจารึกหลายหลัก และจารึกสำคัญที่โด่งดังจนเป็นข่าวเกี่ยวข้องกับการสร้างอนุสาวรีย์สามกษัตริย์ ในจ.พะเยาขณะนี้คือ จารึกลาวงำเมืองและพระญาร่วง ก็เป็นหนึ่งในจำนวนจารึกที่ถูกทำลายในสถานที่แห่งนี้ ปัญหาที่น่าขบคิดคือ เพราะเหตุใดจึงมีการนำจารึกจากวัดต่างๆ(เข้าใจว่าฝ่ายนิกายรามัญ)มาทำพิธีทำลายจารึกที่วัดสบร่องขุยหรือว่า วัดแห่งนี้เป็นวัดสำคัญฝ่ายนิกายสีหลหรือฝ่ายอรัญวาสีโดยมีความเชื่อมโยงเกี่ยวข้องกับกลุ่มวัดในโลกติลกสังฆารามบ้านหนองเต่ากว๊านพะเยาซึ่งเป็นกลุ่มเดียวกัน นับเป็นสิ่งท้าทายสำหรับนักประวัติศาสตร์ที่จะสืบค้นหาข้อเท็จจริง โดยเฉพาะถ้ามีการขุดค้นทางโบราณคดีที่วัดสบร่องขุยเป็นไปได้ว่าอาจจะพบหลักฐานใหม่ที่เป็นข้อสนับสนุนว่า เมืองพะเยาเป็นเมืองสำคัญทางพุทธศาสนาหรือเป็นศูนย์กลางพุทธศาสนาล้านนาตะวันออก ที่ทำให้พุทธศาสนาลังกาวงศ์ทั้ง 2 นิกายสามารถลงหลักปักฐานเผยแผ่พุทธศาสนาได้อย่างมั่นคงยาวนาน
อย่างไรก็ตามปัญหาความขัดแย้งทางศาสนาของทั้ง 2 นิกายที่ยืดเยื้อมาจนถึงสมัยพระเมืองแก้วได้ยุติลงเมื่อกษัตริย์พระเมืองแก้วทรงประกาศสนับสนุนคณะสงฆ์ทั้งสองฝ่ายรวมทั้งฝ่ายพื้นเมืองซึ่งเป็นนิกายเดิมก่อนที่พุทธศาสนาลังกาวงศ์จะเข้ามาเผยแผ่ในล้านนา และต่อมาภายหลังคณะสงฆ์ทั้งสองนิกายค่อยๆถึงจุดเสื่อมลง หลังจากพม่าเข้ามายึดครองล้านนาได้เป็นผลสำเร็จในปีพ.ศ. 2101
แหล่งข้อมูล - ตำนานมูลศาสนาวัดป่าแดง เชียงตุง
- ประวัติศาสตร์ล้านนาจากจารึก ดร.ประเสริฐ ณ นคร
ภาพแรก วัดในกลุ่มโลกติลกสังฆาราม บ.ร่องไฮ อ.เมือง
จ.พะเยา
ภาพที่สอง เศษจารึกที่ถูกทำลายในวัดสบร่องขุย ต.ท่าวังทอง
อ.เมืองจ.พะเยา