การล้างทำความสะอาดแอร์ควรทำเป็นประจำ โดยดูตามความเหมาะสมจากสภาพแวดล้อมและการใช้งาน หากเป็นแผ่นกรองอากาศควรล้างด้วยน้ำสบู่หรือน้ำยาฆ่าเชื้อโรคแล้วใช้น้ำฉีดแรงๆ ที่ด้านหลัง ด้านที่ไม่ได้รับฝุ่น ให้ฝุ่นและสิ่งสกปรกหลุดออกอย่างน้อยเดือนละครั้ง และควรล้างแอร์แบบเต็มระบบอย่างน้อย ปีละ 2ครั้ง
เช่นเดียวกัน แต่หากใช้เป็นประจำทุกวัน ควรล้างทำความสะอาดประมาณ 6 เดือนต่อครั้ง เพราะนอกจากจะช่วยลดเชื้อโรคที่อาจสะสมอยู่ในแอร์แล้ว ยังช่วยประหยัดพลังงานไฟฟ้าได้อีกด้วย