ก่อนพายุไต้ฝุ่นฮาบีกิสจะพัดขึ้นฝั่งบนหมู่เกาะญี่ปุ่นราว 3-4 วันนั้น ทางการของญี่ปุ่นประกาศผ่านสื่อต่างๆ เตรียมความพร้อมรับมือกับพายุ รวมไปถึงทำการเก็บขยะ และสิ่งปฏิกูลภายในบ้านเรือนของตัวเอง โดยให้ประชาชนทุกคนทำการแยกขยะและมัดใส่ถุงขยะให้เรียบร้อย ทั้งนี้ก็เพื่อป้องกันไม่ให้ขยะลอยไปกับกระแสน้ำ