ศูนย์ควบคุมการบินเริ่มเห็นความผิดปกติของเที่ยวบิน United 93 ซึ่งกำลังเริ่มบินวนออกนอกเส้นทางที่กำหนดเอาไว้ และถูกเปลี่ยนรหัสเครื่องส่งสัญญาณติดตาม ซึ่งในขณะนั้นยังไม่ทราบแน่ชัดว่ามันเกิดอะไรขึ้นบนเครื่อง
Alessandro Rogers ผู้ประสานงานการควบคุมจราจรทางอากาศของสายการบิน United Airlines เที่ยวบินฝั่ง West Coast ได้รายงานความผิดปกติของเที่ยวบิน United 93 ไปยังศูนย์บัญชาการ การบินแห่งชาติของสหรัฐ (FAA)
ในช่วงเวลาไล่เลี่ยกันนั้น ที่ Herndon Command Center ในเฮิร์นดอน รัฐเวอร์จิเนีย ก็ได้รายงานว่าเที่ยวบิน United 93 ไม่ตอบสนอง และบินออกนอกเส้นทางที่กำหนด ดาวเทียมบนเครื่องได้ถูกปิดไป แต่ที่ศูนย์ควบคุมคลีฟแลนด์ยังคงสามารถตรวจสอบการบินในเรดาร์หลักได้
Herndon Command Center ได้ถ่ายทอดข้อมูลเกี่ยวกับเที่ยวบิน United 93 ที่รวบรวมได้ไปยังสำนักงานใหญ่ของ FAA อย่างเร่งด่วน
09:46 น. ผู้โดยสาร Linda Gronlund ส่งข้อความหาน้องสาวของเธอ Elsa Strong ว่ามี “มีกลุ่มชายขู่วางระเบิดบนเครื่อง"