ข้อดีของการปลูกพืชในระบบอควาโปนิกส์ สรุปได้ดังนี้
•ใช้น้ำน้อยกว่าการปลูกพืชและเลี้ยงสัตว์แบบเดิม
•ปุ๋ยทั้งหมดมาจากธรรมชาติคือของเสียจากปลาที่เลี้ยง
•ไม่ปนเปื้อนจากปุ๋ยเคมีและอาหารเลี้ยงสัตว์น้ำ
•เป็นการทำเกษตรอย่างมีประสิทธิภาพ ยั่งยืน และให้ผลิตผลสูง
•ผลผลิตปลอดจากสารกำจัดโรคแมลงศัตรูพืช และสารกำจัดวัชพืช
•ปลาที่เลี้ยงปราศจากสารเร่งการเจริญเติบโตและสารแอนติไบโอติกส์
•ให้ผลผลิตได้อย่างต่อเนื่อง
•ให้ทั้งแหล่งโปรตีนและพืชผัก
•เป็นระบบการผลิตแบบผสมผสานที่ยั่งยืนและเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม
•กำจัดสิ่งปนเปื้อนในดิน กำจัดโรคที่เกิดจากดิน
•เมื่อใช้ร่วมกับระบบควบคุมสภาพแวดล้อม เราสามารถปลูกพืชและเลี้ยงปลาได้ตลอดปีในทุกสภาพอากาศ