แม่น้ำคงคาในช่วงก่อนการประกาศปิดประเทศ ถือเป็นแม่น้ำสายสำคัญของโลกที่มีมลพิษปนเปื้อนสูงที่สุดแห่งหนึ่ง โดยข้อมูลจากจากสำนักควบคุมมลพิษรัฐแห่งชาติของอินเดีย (Central Pollution Control Board) ระบุว่าค่ามลพิษในแม่น้ำคงคาสูงจนไม่สามารถใช้อาบหรือดื่มได้ มีการปนเปื้อนแบคทีเรียโคลิฟอร์มในน้ำสูงถึง 40,000 MPN ( Mlost probable number) ต่อน้ำ 100 มิลลิลิตร และแบคทีเรียฟีคัลโคลิฟอร์มสูงถึง 22,000 MPN ซึ่งเกินจากค่าที่กำหนดไว้ ที่ไม่ควรเกินที่ 500 MPN นอกจากนี้ยังพบสารพิษต่างๆ ที่เป็นอันตรายต่อร่างกายมากทั้ง ปรอท แคดเมียม สารหนู ยาฆ่าแมลง และโลหะหนักต่างๆ