ข้อจำกัดที่สำคัญของการเข้าทำMRI คือการที่มีสิ่งที่มีผลต่อคลื่นแม่เหล็กไฟฟ้าในร่างกาย อาจทำให้เกิดภาพที่ไม่ชัด เช่นการจัดฟัน หรือคลื่นแม่เหล็กไฟฟ้าอาจไปมีผลต่อการทำงานของสิ่งนั้น เช่น เครื่องกระตุ้นไฟฟ้าหัวใจ(Pace maker), ขดลวดที่หลอดเลือดแดง(Stent), ลิ้นหัวใจเทียมชนิดที่เป็นโลหะ, ประสาทหูเทียม(Cochlear implants), อุปกรณ์คุมกำเนิดชนิดใส่ในมดลูก(Intrauterine device), เครื่องอิเล็กโทรนิคต่างๆ,ข้อเทียมและอวัยวะเทียม, เครื่องฉีดยาหรือเครื่องกระตุ้นเส้นประสาทชนิดที่ฝังไว้ในร่างกาย, เครื่องมือที่เป็นโลหะฝังไว้ในการผ่าตัด อุปกรณ์ในกลุ่มนี้ต้องยืนยันให้แน่ใจว่าเป็นชนิดพิเศษที่เข้าเครื่องMRI ได้ ก่อนทำMRI และต้องแจ้งแพทย์ก่อนว่าท่านมีสิ่งเหล่านี้อยู่หรือไม่