ภายหลังสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่ 2 Herta ถูกกองทัพสัมพันธมิตรควบคุมตัวไว้ได้และถูกดำเนินคดีในข้อหาทารุณกรรมและอาชญากรสงคราม เธอได้รับโทษจำคุกเป็นเวลา 20 ปี ก่อนจะได้รับการลดหย่อนโทษเนื่องจากมีประพฤติmujดีระหว่างที่ต้องโทษทำให้ถูกจำคุกจริงๆ เพียงแค่ 5 ปีเท่านั้น
Herta Oberheuser ใช้ชีวิตที่เหลือหลังจากออกจากคุกด้วยการลักลอบเป็นแพทย์แต่ถูกรายงานไปยังหน่วยงานที่มีหน้าที่รับผิดชอบทำให้ถูกเพิกถอนใบประกอบโรคศิลป์ และเสียชีวิตในปี 1978 ด้วยวัย 64 ปี