ตามแผนแม่บทการแก้ปัญหา 3 จังหวัดชายแดนใต้นั้นมีการตั้งเป้าหมายให้งบประมาณด้านความมั่นคงที่ใช้ในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนใต้ลดลงเป็นลำดับ อย่างไรก็ตาม หากพิจารณาในรายละเอียดก็จะพบความผิดปกติ โดยพบว่ามีการตั้งงบประมาณเอาไว้อยู่ในแผนงานพื้นฐานและแผนยุทธศาสตร์แทนที่จะอยู่ในแผนบูรณาการการขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ซึ่งเมื่อนำงบประมาณเหล่านั้นมารวมเข้าด้วยกันก็จะพบว่า งบประมาณด้านความมั่นคงที่ใช้ในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนใต้นั้นไม่ได้ลดลงตามที่ระบุไว้ในแผนแม่บท เช่น กอ.รมน. มีแผนงานยุทธศาสตร์ป้องกันและแก้ไขปัญหาที่มีผลกระทบต่อความมั่นคงซึ่งมีรายการค่าใช้จ่ายที่ชื่อว่า “การกำลังพลและการดำเนินงาน” โดยใช้เม็ดเงินงบประมาณ 4,195 ล้านบาท เพื่อใช้เป็นเบี้ยเลี้ยงสำหรับผู้ที่ปฏิบัติหน้าที่ใน 3 จังหวัดชายแดนใต้ เท่ากับว่านอกจากในแผนบูรณาการแก้ปัญหา 3 จังหวัดชายแดนใต้แล้ว ยังมีงบที่หลบๆ ซ่อนๆ อยู่ตามแผนงานพื้นฐานและแผนงานยุทธศาสตร์อีกด้วย ซึ่งเท่าที่ตรวจพบคิดเป็นมูลค่าประมาณ 5,800 ล้านบาท ซึ่งหากลงรายละเอียด อาจจะ พบรายการที่ซุกซ่อนไว้มากกว่านี้ก็เป็นได้