การจัดจำแนกประเภทแก้ไข
ไฟลัมซาร์โคแมสติโกฟอรา (Sarcomastigophora) หรือซูโอแฟลกเจลเลต (Zooflagellate) เป็นโปรโตซัวที่ว่ายน้ำได้ด้วยแฟลกเจลลา มีทั้งที่อาศัยเป็นอิสระในน้ำ ในดิน หรือเป็นปรสิต ชนิดที่เป็นปรสิตบางชนิดอาศัยอยู่ในทางเดินอาหารของปลวกเพื่อช่วยย่อยเนื้อไม้ Trypanosoma เป็นปรสิตก่อโรคเหงาหลับ (African sleeping sickness) โปรโตซัวในไฟลัมนี้อีกชนิดเรียกว่าซาร์โคดิเนส เป็นกลุ่มที่เคลื่อนที่ด้วยเท้าเทียม เช่น
อะมีบา พบในน้ำจืด น้ำทะเลและในดิน ชนิดที่อยู่ในน้ำจืดจะมีคอนแทรกไทล์ แวคิวโอลซึ่งจะเก็บและขับน้ำออกจากเซลล์ และช่วยในการเคลื่อนที่ของเซลล์ด้วย
เฮลิโอโซน (heliozoans) มีเท้าเทียมยื่นออกได้รอบตัว ขนาดละเอียด มองดูคล้ายรังสีพระอาทิตย์ซึ่งยืดหรือหดโดยการควบคุมการสร้างหรือรื้อสายทูบูลิน
ฟอรามินิเฟอรัน (Foraminiferans) ส่วนใหญ่อยู่ในทะเล มีเปลือกห่อหุ้มเซลล์ ซึ่งมีองค์ประกอบเป็นแคลเซียมคาร์บอเนต
เรดิโอลาเรียน (radiolarians) ส่วนใหญ่เป็นแพลงก์ตอนในทะเลโครงสร้างส่วนใหญ่คล้ายเฮลิโอโซน แต่มีระบบโครงสร้างเป็นซิลิกอน
ไฟลัมอะปิคอมเพลซา (Apicomplexa) ได้แก่ สปอโรโซน (Sporozoans) เป็นปรสิตทั้งหมด เคลื่อนที่ไม่ได้ วงชีวิตมีทั้งการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศและไม่อาศัยเพศ การแพร่พันธุ์อาศัยทั้งพาหะ (แมลง) และโฮสต์ (สัตว์) เช่น พลาสโมเดียมซึ่งก่อโรคมาลาเรีย
ไฟลัมซิลิโอฟลอรา (Ciliophora) ได้แก่โปรโตซัวที่มีซิเลีย (cilate protozoan) มีซิเลียช่วยในการว่ายน้ำ เป็นเซลล์เดี่ยวที่มีความซับซ้อน มีการตอบสนองต่อสิ่งแวดล้อม และมีทางเข้าของอาหารคล้ายปาก (oral groove) อาหารจะถูกย่อยในแวคิวโอลอาหาร (food vacuole) ที่ทำหน้าที่คล้ายกระเพาะอาหาร มีช่องเปิดส่งของเสียจากแวคิวโอลอาหารออกสู่ภายนอก (anal pore) ดำรงชีพด้วยการล่าเหยื่อ ตัวอย่างเช่น พารามีเซียม ปลาไม่มีกระดูก