ในระยะแรก อัคนาเตนมีมเหสี (เท่าที่รู้) สามองค์ คือ คิยา, สตรีนิรนาม จากหลุมศพ KV35 ที่นักโบราณคดีเรียกขานว่า The younger lady ซึ่งต่อมาเป็นพระมารดาของฟาโรห์ทุตอังค์อาเตน (จากการตรวจ DNA จากพระศพ The younger lady เป็นขนิษฐาร่วมสายโลหิตทั้งฝ่ายบิดาและมารดาของอัคนาเตน) และเนเฟอร์ตีตี เนเฟอร์ตีตีไม่มีโอรส แต่มีพระธิดาทั้งหมดหกองค์ อังคีเซนปาเตนเป็นพระธิดาองค์ที่สามของพระนาง
แต่ไม่มีหลักฐานว่าเมริตาเตนแต่งงานใหม่ นางหายไปจากหน้าประวัติศาสตร์เช่นกัน ราชสมบัติจึงถูกเวนมาสู่ทุตอังค์อาเตน โอรสของอัคนาเตนกับ The Younger Lady ทุตอังค์อาเตนอภิเษกสมรสกับอังคีเซนปาเตน ทั้งสองมีธิดาด้วยกันสองคน หากแต่แท้งและตายคลอดเสียก่อน พระธิดาทั้งสองถูกทำมัมมี่ไว้ในหลุมศพ KV35 ในหุบผากษัตริย์ร่วมกับมัมมี่ของคิยาและ The Younger Lady