สิ่งที่ควบคุมนาฬิการ่างกาย จะเป็นกลุ่มเซลล์ประสาทที่ชื่อว่า suprachiasmatic nucleus ในสมอง โดยอาศัยใกล้ระบบประสาทบริเวณตาที่รับแสงแปลข้อมูล ที่อยู่ใกล้ตาเพื่อว่าจะได้รับรู้การเปลี่ยนแปลงของแสงไปปรับสมดุลของร่างกาย การทำงานของนาฬิกาชีวิตจะมีผลต่อร่างกาย 3 ระบบด้วยกัน คือ
1. ควบคุมสมดุลฮอร์โมน
2. ระบบย่อยอาหาร
3. ระบบควบคุมอุณหภูมิของร่างกาย