เมล็ดกาแฟบางชนิดมีประโยชน์ต่อสุขภาพมากกว่าเมล็ดกาแฟชนิดอื่น งานวิจัยชิ้นหนึ่งในวารสาร Antioxidants รายงานว่าเมล็ดกาแฟโรบัสต้าที่ยังไม่ผ่านการคั่วมีสารต้านอนุมูลอิสระเกือบสองเท่าของเมล็ดกาแฟอาราบิก้าที่ยังไม่ผ่านการคั่ว
อย่างไรก็ตามความแตกต่างของปริมาณสารต้านอนุมูลอิสระนี้ลดลงอย่างมากเมื่อนำเมล็ดกาแฟทั้งสองชนิดมาผ่านการคั่วอ่อนๆ แม้ว่าเมล็ดโรบัสต้าคั่วอ่อนจะมีสารต้านอนุมูลอิสระมากกว่าเมล็ดอาราบิก้าคั่วอ่อน แต่ในรูปแบบคั่วกลางและคั่วเข้มกาแฟอาราบิก้ากลับมีสารต้านอนุมูลอิสระมากกว่าโรบัสต้า