ในระหว่างการเป็นผู้นำของราชวงศ์อุมัยยะฮ์บรรดากาหลิบได้สั่งให้มีการก่อสร้างต่างๆในมัสยิดซึ่งต่อมาได้ส่งผลให้อาคารต่างๆยังคงมีชีวิตอยู่ในปัจจุบันรวมทั้ง Jami 'Al-Aqsa และ Dome of Shakhrah Dome of Shakhrah สร้างเสร็จในปี 692 A.D. ทำให้เป็นหนึ่งในอาคารอิสลามที่เก่าแก่ที่สุดในโลก
เมื่อชาวคริสต์ชนะสงครามครูเสดครั้งแรกในปี 1099 การจัดการของ Masjidilaqsa ก็หลุดจากมือของชาวมุสลิม Jami 'Al-Aqsha ถูกดัดแปลงให้เป็นพระราชวังและตั้งชื่อว่า Temple of Solomonis หรือวิหารแห่งโซโลมอน (Solomon) ในขณะที่โดม Shakhrah ถูกเปลี่ยนเป็นโบสถ์และตั้งชื่อว่าวิหาร Domini หรือ Temple of God Masjidilaqsa กลายเป็นสัญลักษณ์สำคัญอย่างหนึ่งในกรุงเยรูซาเล็มและภาพของ Dome of the Stone ถูกพิมพ์ลงบนเหรียญที่ออกโดยอาณาจักรคริสเตียนแห่งเยรูซาเล็ม Masjidilaqsa ได้รับการฟื้นฟูให้กลับมาทำงานได้เหมือนเดิมหลังจากที่ชาวมุสลิมสามารถเข้ารับตำแหน่งผู้นำของคอมเพล็กซ์แห่งนี้ในช่วงเวลาของ Salahuddin Al-Ayyubi หลังจากนั้นมุสลิมก็จัดการ Masjidilaqsa ในฐานะ waqf โดยไม่หยุดยั้งจนกระทั่งอิสราเอลยึดครองเยรูซาเล็มในปี 1967