ระบบออโต้ไพลอตสามารถบังคับเครื่องให้เลี้ยวในทิศทางที่ต้องการ,เพิ่มหรือลดระดับความสูงรวมทั้งนำเครื่องบินลงจอดหรือที่เราเรียกว่า Automatic landing แต่ทั้งหมด
ต้องใช้ในสถานการณ์ที่เหมาะสมเพราะจุดประสงค์คือการลด workload การทำงานของนักบินนั่นเอง
แต่ในเวลาที่มีเครื่องบินจำนวนมาก หรือเกิดเหตุการณ์ไม่คาดฝันจำเป็นต้องหลบหลีกการชนเครื่องบินลำอื่นตามคำสั่งของระบบป้องกันการชนของเครื่องบินที่เรียกว่า traffic collision avoidance system(TCAS) นักบินจะต้องบินด้วยตัวเองโดยปลดระบบ Auto Pilot
รวมถึงเหตุการณ์เฉพาะหน้าที่ต้องการการควบคุมเครื่องบินอย่างฉับพลันนักบินจะทำการบินด้วยตัวเอง(Hand Flying)