ระบบย่อยอาหารอาจจะถือได้ว่าเป็นศูนย์กลางของสุขภาพของเราเลยก็ว่าได้ หากระบบย่อยอาหารมีปัญหาไม่ว่าทางใดก็ตาม สมรรถนะทางการกีฬาของเราก็จะมีปัญหาไปด้วย จากงานศึกษาเกี่ยวกับโปรไบโอติกที่ผสมเชื้อหลายชนิดประกอบไปด้วย L. acidophilus, B. lactis และ B. bifidum พบว่าสามารถช่วยบรรเทาอาการของโรคลำไส้แปรปรวน (Irritable Bowel Syndrome, IBS) และช่วยลดการเกิดของแบคทีเรียจำพวกที่ดื้อยาปฏิชีวินะอย่าง enterococci ได้ด้วย
2. ป้องกันการติดเชื้อบริเวณทางเดินหายใจช่วงบน
คนออกกำลังกายที่กินโปรไบโอติกที่ประกอบด้วยแลกโตบาซิลลัสหลายชนิดนั้นมีโอกาสน้อยลงมากที่จะเจ็บป่วยจากการติดเชื้อบริเวณทางเดินหายใจส่วนบน มีงานวิจัยที่พบว่าคนออกกำลังกายที่กินโปรไบโอติกที่มี L. casei เป็นเวลาเพียง 8 สัปดาห์มีการติดเชื้อบริเวณทางเดินหายใจส่วนบนน้อยลงอย่างมีนัยสำคัญ นอกจากนี้ยังลดความรุนแรงของอาการกับระยะเวลาที่ป่วยอีกด้วย งานวิจัยอีกชิ้นแสดงให้เห็นว่าการกินโปรไบโอติกที่มี L. fermentum เป็นเวลาหนึ่งเดือนสามารถช่วยลดระยะเวลาในการป่วยและความรุนแรงของอาการจากการติดเชื้อในทางเดินหายใจส่วนบนในนักวิ่งระยะไกลได้เช่นกัน