ซูดานเคยมีปัญหาเรื่องศาสนา คนทางตอนใต้นับถือศาสนาคริสต์ตามอังกฤษ แต่ก่อนที่จะแยกประเทศ ทางตอนใต้ถูกปกครองโดยรัฐบาลกลางที่อยู่กรุงคาร์ทูม ซึ่งนักการเมืองเป็นพวกอาหรับ-แอฟริกันที่นับถือศาสนาอิสลามและนำกฎหมายอิสลามมาเป็นกฎหมายของประเทศ ก็จึงทะเลาะเบาะแว้งกันมาโดยตลอด