Zilliqa ก่อตั้งโดย Prateek Saxena ผู้ช่วยศาสตราจารย์ที่ National University of Singapore School of Computing Saxena และนักเรียนหลายคนใน School of Computing ได้ตีพิมพ์บทความในปี 2016 ซึ่งสรุปว่าบล็อคเชนที่เน้น sharding สามารถปรับปรุงประสิทธิภาพและความเร็วของเครือข่ายได้อย่างไร
ในช่วงเวลาเดียวกัน Saxena ได้ร่วมก่อตั้ง Anquan Capital ร่วมกับ Max Kantelia ผู้ประกอบการด้านการเงินและเทคโนโลยี และ Juzar Motiwalla อดีตประธานของ Singapore Computer Society บริษัทได้ร่วมกับ Zilliqa Research ในเดือนมิถุนายน 2017 เพื่อพัฒนาเครือข่าย Zilliqa โดยให้ Dong Xinshu เป็น CEO ของบริษัท Yaoqi Jia มาเป็นหัวหน้าเจ้าหน้าที่ฝ่ายเทคโนโลยี และ Amrit Kumar เป็นหัวหน้าเจ้าหน้าที่ด้านวิทยาศาสตร์ของบริษัท ทั้ง 3 คนเคยทำงานเป็นนักวิจัยที่ NUS School of Computing