ไดอะตอมมีบทบาทสำคัญอย่างยิ่งในวัฏจักรคาร์บอนเพราะพวกมันดำรงชีวิตด้วยกระบวนการสังเคราะห์แสงเช่นเดียวกับพืช โดยไดอะตอมจะดูดซึมแก๊สคาร์บอนไดออกไซด์มาสร้างอาหาร แล้วคายแก๊สออกซิเจนให้กับชั้นบรรยากาศของโลก เมื่อเซลล์ตายลง ผนังเซลล์ที่เป็นซิลิกาจะจมลงสู่ก้นมหาสมุทรพร้อมกับถ่วงเอาองค์ประกอบอื่นๆซึ่งประกอบไปด้วยธาตุคาร์บอนให้จมตามไปด้วย