ในเดือนม.ค. 2547 Apple Inc. เปิดตัว iPod รุ่นที่ 2 ในชื่อ “iPod Mini” ซึ่งเป็นการปรับดีไซน์มาจาก iPod Classic ให้มีความเล็กลง และมีสีสันที่สดใสให้เลือกหลากหลายเฉดสี ซึ่งได้รับกระแสตอบรับเป็นอย่างดีจากผู้ใช้ จน Walmart ห้างสรรพสินค้าใหญ่ของสหรัฐออกแถลงการณ์ว่า iPod Mini หมดสต็อก แม้ว่าจะได้รับการตอบรับอย่างดี แต่ iPod Mini นั้นออกมาเพียงแค่ 2 รุ่นเท่านั้น คือ Gen 1 (2547) และ Gen 2 (2548)
3. iPod Nano
หลังจาก iPod Mini ประสบความสำเร็จเป็นอย่างมาก Apple Inc. ก็เปิดตัว iPod รุ่นใหม่โดยใช้ชื่อว่า “iPod Nano” ในปี 2548 ซึ่งเป็นรุ่นที่มีการเปลี่ยนแปลงรูปร่างมากที่สุด โดย Gen 1, 2, และ 4 นั้นมีรูปร่างที่คล้ายกับ iPod Mini
ขณะที่ iPod Nano Gen 3 มีรูปร่างคล้ายกับ iPod Classic ส่วน iPod Nano Gen 5 นั้นกลับไปรูปร่างคล้ายกับ iPod Mini แต่มีการเปลี่ยนวัสดุเป็นอะลูมิเนียมขัดเงา (Polished aluminium) และมีหน้าจอที่ใหญ่ขึ้น
ส่วน iPod Nano Gen 6 เป็น iPod รุ่นแรกที่เป็นหน้าจอแบบสัมผัส (Touch Screen) โดยไม่มีปุ่มกดใด ๆ มีเพียงแค่ปุ่มเปิดปิดเครื่องเท่านั้น ก่อนจะพัฒนามาเป็นหน้าจอแบบสัมผัสขนาด 2.5 นิ้ว พร้อมกับปุ่มโฮม เหมือนใน iPhone บน iPod Nano Gen 7 ต่อมา Apple Inc. ได้ยกเลิกการผลิต iPod Nano เมื่อ 27 ก.ค. 2560