หลังจากการบูรณะซ่อมแซมอาคารของมิวเซียมสยามเมื่อปี พ.ศ.2549 ได้ค้นพบสิ่งที่น่าสนใจมากมาย ไม่ว่าจะเป็นเศษกระเบื้อง เครื่องปั้นดินเผา เครื่องเคลือบ เครื่องแก้ว เกือกม้า โครงกระดูกวัว ไปจนถึงร่องรอยของวังเก่าที่ถูกฝังกลบอยู่ภายใต้หน้าดินบริเวณโดยรอบอาคาร
.
โดยพื้นที่ของมิวเซียมสยามรวมถึงบริเวณโดยรอบ มีประวัติศาสตร์ทับซ้อนหลายชั้นมาก เริ่มจากสมัยอยุธยา ทำให้การจัดทำพิพิธภัณฑ์ประจำแหล่งโบราณคดี หรือ Site Museum ที่ปล่องทางขึ้น-ลงสถานีรถไฟฟ้าสนามไชยในครั้งนี้ ต้องมีการระดมพลของผู้เชี่ยวชาญจาก