พะยูน ได้รับการประกาศให้เป็นสัตว์ป่าสงวนตามพระราชบัญญัติสงวนและคุ้มครองสัตว์ป่า พ. ศ. 2562 อนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศซึ่งชนิดสัตว์ป่าและพืชป่าที่ใกล้สูญพันธุ์หรือไซเตส (CITES) พะยูนได้อยู่ในบัญชีหมายเลข 1 ลำดับที่ 86 ของบัญชีไซเตส ซึ่งเป็นสัตว์ที่ห้ามค้าโดยเด็ดขาด ยกเว้น เพื่อการศึกษาวิจัย และเพาะพันธุ์เท่านั้น