ในช่วงต้นของอาชีพ สแวนเต้ พาโบ้ หลงใหลกับความเป็นไปได้ที่จะใช้วิธีการทางพันธุศาสตร์สมัยใหม่ในการศึกษา DNA ของนีแอนเดอร์ธัลส์
อย่างไรก็ตาม เขาตระหนักในไม่ช้าถึงความท้าทายเชิงเทคนิคสุดๆ เพราะเมื่อเวลาผ่านไปนานเข้า DNA จะโดนดัดแปลงทางเคมีและหักกร่อนเป็นชิ้นส่วนสั้นๆ
หลังจากผ่านไปนานหลายพันปี จะมี DNA หลงเหลืออยู่น้อยมากและสิ่งที่เหลืออยุ่ก็มักจะปนเปื้อนไปด้วย DNA จากแบคทีเรียและมนุษย์ร่วมสมัยเป็นอย่างมาก (ภาพที่ 1)
ภาพที่ 1 DNA อยู่ในส่วนที่แตกต่างกัน 2 ส่วนในเซลล์, DNA ในนิวเคลียสเป็นตัวเก็บข้อมูลพันธุกรรมส่วนใหญ่ ขณะที่จีโนมของไมโทคอนเดรียมีข้อมูลน้อยกว่ามาก แต่มีอยู่หลายพันชุด หลังจากที่ตายลง DNA จะเสียสภาพมากขึ้นไปตามเวลา และในที่สุดแล้วจะมี DNA เหลืออยู่น้อยมากอีกทั้งยังปนเปื้อนไปด้วย DNA จากสิ่งอื่นๆ เช่น แบคทีเรียและมนุษย์ในยุคปัจจุบัน
ปี 1990 มหาวิทยาลัยมิวนิกรับพาโบ้เข้าทำงาน โดยแต่งตั้งให้เป็นศาสตราจารย์คนใหม่ เขายังคงทำงานเกี่ยวกับ DNA โบราณต่อไป เขาตัดสินใจจะวิเคราะห์ DNA จากไมโทคอนเดรียของนีแอนเดอร์ธัลส์
ไมโทคอนเดรียก็คือองค์ประกอบย่อยในเซลล์ที่มี DNA เป็นของตัวเอง จีโนมของไมโทคอนเดรียมีขนาดเล็ก บรรจุแค่เพียงเศษเสี้ยวของข้อมูลพันธุกรรมในเซลล์ แต่มันก็มีอยู่เป็นพันๆ ชิ้นต่อเซลล์ จึงเพิ่มโอกาสที่จะทำได้สำเร็จ
ด้วยวิธีการที่ละเอียดอ่อนของเขา พาโบ้สามารถอ่านรหัสส่วนหนึ่งของ DNA ของไมโทคอนเดรียจากชิ้นส่วนกระดูกอายุ 40,000 ปีได้
การเปรียบเทียบลำดับ DNA กับมนุษย์ยุคนี้และชิมแปนซี ทำให้รู้ว่านีแอนเดอร์ธัลส์มีพันธุกรรมที่แตกต่างออกไป
การอ่านรหัสจีโนมของนีแอนเดอร์ธัลส์
การวิเคราะห์จีโนมไมโทคอนเดรียให้ข้อมูลพันธุกรรมที่จำกัด ถึงตอนนี้ พาโบ้ก็เผชิญกับความท้าทายอย่างมากในการอ่านรหัสจีโนมในนิวเคลียสชองนีแอนเดอร์ธัลส์ ถึงจังหวะเวลานั้น เขาก็ได้รับโอกาสให้ก่อตั้งสถาบันมักซ์ พลังก์ในไลป์ซิก (Max Planck Institute in Leipzig) ประเทศเยอรมนี
ที่สถาบันแห่งใหม่นี้ พาโบ้และทีมของเขาก็ได้ปรับปรุงวิธีการคัดแยกและวิเคราะห์ DNA จากซากกระดูกโบราณอย่างต่อเนื่อง ทีมวิจัยใช้เทคนิคใหม่ๆ ที่พัฒนาขึ้นมา ซึ่งทำให้การอ่านรหัส DNA ทำได้อย่างมีประสิทธิภาพเป็นอย่างมาก พาโบ้ยังได้ร่วมมือกับนักวิจัยคนสำคัญอีกหลายคนที่มีประสบการณ์ด้านการวิเคราะห์พันธุศาสตร์ประชากรและการวิเคราะห์ลำดับ DNA ชั้นสูง
ถึงตอนนี้ พาโบ้และเพื่อนร่วมงานของเขาก็สามารถตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่างนีแอนเดอร์ธัลส์และมนุษย์ยุคปัจจุบันจากส่วนต่างๆ ของโลก การวิเคราะห์เปรียบเทียบแสดงให้เห็นว่า ลำดับ DNA จากนีแอนเดอร์ธัลส์คล้ายคลึงกันกับลำดับ DNA จากมนุษย์ร่วมสมัยที่มีต้นกำเนิดมาจากยุโรปหรือเอเชีย มากกว่ามนุษย์ร่วมสมัยกันที่มีต้นกำเนิดมาจากแอฟริกา