จะว่าไป สตีเฟน ฮอว์กิง มีชีวิตนักที่ดราม่าไม่น้อยทีเดียว เขาแต่งงานถึงสองครั้งและมีลูกสามคน
การแต่งงานครั้งแรกของฮอว์กิงฃงคือกับเจน ไวลด์ นักศึกษาที่เขาพบขณะเรียนอยู่ที่เคมบริดจ์ ทั้งคู่แต่งงานกันในปี 1965 และมีลูกด้วยกัน 3 คน คือ โรเบิร์ต, ลูซี และทิโมธี แต่ถึงแม้ฮอว์กิงจะได้รับการวินิจฉัยว่าเป็น ALS ซึ่งส่งผลต่อชีวิตคู่ แต่ทั้งคู่ยังคงแต่งงานและครองรักกันมานานกว่า 25 ปี