A, B และ C แต่มีเพียงสายพันธุ์ A และ B ที่มีการระบาดโดยทั่วไป โดยไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ A แบ่งออกเป็นหลายซัปไทด์ ซัปไทด์ที่มีการระบาดเป็นประจำคือ H1N1 และ H3N2 ส่วนไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ B แบ่งออกเป็น 2 lineages คือ Victoria และ Yamagata โดยอาการมักไม่รุนแรงเท่าสายพันธุ์ A