แต่ปัญหาใหญ่ในการรวมบริษัท ก็คือ วัฒนธรรมที่แตกต่าง แม้กระทั่ง เทคโนโลยีที่แทบจะต่างกันคนละขั้ว confinity นั้นใช้ open source อย่าง Linux ส่วน X ของ Musk ขับเคลื่อนโดย Windows Server รวมถึงความแตกต่างทางวัฒนธรรมที่แตกต่างกันมาก ๆ ซึ่งมันแทบจะแบ่งแยกชนชั้นศักดินากันระหว่างฝั่งที่ศรัทธาใน Linux และอีกฝั่งที่ศรัทธาใน Windows
3
และเหตุการณ์ไม่คาดฝันก็เกิดขึ้นอีกครั้งเมื่อ Peter Thiel ที่ดำรงตำแหน่งรองประธานด้านการเงินหลังจากควบรวม ได้ส่ง email แจ้งให้กับพนักงานทราบว่าเขาได้ลาออกจากตำแหน่งรองประธานบริหารของ X (บริษัทที่ควบรวม)
1
ในระหว่างที่ PayPal กำลังเติบโตได้สวยงามนั้น ก็เกิดความไม่ลงรอยกันระหว่าง Bill Harris กับ Peter Thiel อย่างรุนแรง ในเรื่องแนวความคิดในการนำพาบริษัทก้าวต่อไปในหลาย ๆ เรื่อง ทำให้สุดท้าย Thiel ต้องเป็นฝ่ายถอยออกไป
2
Bill Harris ที่มีปัญหาไม่ลงรอยกับ Peter Thiel (CR:The Business Journals)
ฟากฝั่ง Elon Musk นั้น ก็เริ่มได้ฟังเสียงบ่นจากเหล่าทีมบริหารที่เริ่มไม่พอใจกับผลงานของ Bill Harris เช่นเดียวกัน บริษัทกำลังเผชิญกับสถานการณ์ที่ไม่แน่นอนเป็นอย่างยิ่ง การควบรวมที่ไม่เป็นไปตามแผน
Musk จึงได้เรียกประชุมคณะกรรมการฉุกเฉิน เพื่อทำการขับไล่ชายที่เขาจ้างมาช่วยดูแลในฐานะ CEO เมื่อหกเดือนก่อน และสุดท้าย Bill Harris ก็ต้องเป็นฝ่ายที่ต้องจากลาไปอีกหนึ่งคน
1
หลังจากนั้น Musk ก็ได้เข้ามาดูแลทั้งสองบริษัทในฐานะ CEO แบบเต็มตัว สิ่งที่ Musk โฟกัสเป็นอันดับแรกคือ ทีมที่ดูแลด้านผลิตภัณฑ์ของบริษัท ซึ่ง Musk นั้นได้ให้ David Sacks เข้ามาดูแลในส่วนนี้
1
ปัญหาต่าง ๆ เริ่มรุมเร้าตัว Musk ทันที ซึ่งสถานการณ์ของบริษัท กำลังจะอยู่ในจุดวิกฤติในทุก ๆ ด้าน เหล่าวิศวกรยังทะเลาะกันอย่างไม่จบสิ้นในเรื่องสถาปัตยกรรมที่แตกต่างระหว่าง Linux และ Windows Server
และต้องการให้ตั้ง Peter Thiel กลับมาเป็น CEO แทน และสร้างเอกสารขึ้นมาเพื่อบังคับให้กรรมการบริษัท พร้อมใบลาออกของพวกเขาหากคณะกรรมการปฏิเสธที่จะกระทำการดังกล่าว
Max Levchin และ Reid Hoffmann เป็นกำลังหลักในการล้มล้าง Elon Musk (CR: The Business Journals)
Max ได้รวมรวมทีมงานที่เป็นวิศวกรทั้งหมด ตอนนี้สถานการณ์ของ Musk นั้นอยู่บนเส้นด้ายแล้ว ซึ่งวันรุ่งขึ้น ทั้งสามคนได้รวมเอาจำนวนพนักงานทั้งหมดพร้อมลายเซ็นต์ และได้ร่างคำร้องไปยังคณะกรรมการ และไปยังห้องทำงานของคณะกรรมการอย่าง Mike Moritz เพื่อนำเสนอเรื่องดังกล่าว
ดูเหมือนกลุ่มกบฏจะอยู่ในสถานการณ์ที่ได้เปรียบ เนื่องจาก Max ซึ่งเป็นพนักงานคนเดียวที่มีเก้าอี้ในคณะกรรมการ ที่นอกเหนือจาก Musk พร้อมที่จะลงคะแนนเพื่อดึง Peter Thiel กลับมา
ส่วน Musk นั้นต้องการการสนับสนุนจากกรรมอิสระอย่างน้อยสองในสามคน : Moritz จาก Sequoia Capital , John Malloy จาก Nokia Ventures และ Tim Hurd จาก Medison Dearborn
และมันทำให้อิทธิพลของ Musk ต่อ X นั้นลดลงไปอย่างรวดเร็ว ในเดือน มิถุนายน ปี 2001 X ถูกเปลี่ยนให้กลายเป็น PayPal แทน และ Peter Thiel กลับมาเป็น CEO ของบริษัทอีกครั้ง
2
ซึ่งสุดท้าย เหล่าคณะกรรมการของบริษัทเลือกวิธีการประนีประนอม ที่ทำให้ Thiel นั้นกลับมารับตำแหน่ง CEO ชั่วคราว เพื่อรอการค้นหาผู้บริหารเต็มรูปแบบสำหรับ CEO คนใหม่