VC-25A เข้ามาแทนที่ VC-137C (รุ่นทหารของ Boeing 707) เป็นแกนหลักของฝูงบิน Air Force One ในบางโอกาส VC-25 อาจถูกใช้เป็นเครื่องบินลำเลียงรองประธานาธิบดีสหรัฐฯ ซึ่งในกรณีนี้จะใช้รหัสเรียกขาน Air Force Two
หลังจากการเปิดตำแหน่งประธานาธิบดีที่ส่งผลให้มีการเปลี่ยนแปลงในตำแหน่ง ประธานาธิบดีคนก่อนจะได้รับการขนส่งบนเครื่องบิน VC-25 ไปยังจุดหมายปลายทางของตนเอง เครื่องบินสำหรับเที่ยวบินนี้จะไม่ใช้รหัสเรียกขาน Air Force One เนื่องจากไม่ได้บรรทุกประธานาธิบดีที่อยู่ในตำแหน่ง สำหรับทั้งประธานาธิบดีบิล คลินตัน และจอร์จ ดับเบิลยู. บุช เที่ยวบินนี้เรียกว่า Special Air Mission 28000 โดยตัวเลขแทนหมายเลขลำดับของเครื่องบิน