ในขณะเดียวกันคนที่มีภาวะเสี่ยงหลายประการที่ไม่ควรดื่มกาแฟ เช่น ภาวะลำไส้อักเสบบางสาเหตุ แผลในกระเพาะเรื้อรัง โรคกระเพาะต่างๆ ก็ยังเป็นข้อห้ามในการดื่มกาแฟ เนื่องจากการดื่มกาแฟเพิ่มการระคายเคืองของผนังกระเพาะอาหาร ทำให้ภาวะบางอย่างเกี่ยวกับกระเพาะแย่ลง หากมีโรคประจำตัว การดื่มกาแฟระยะยาวควรแจ้งให้แพทย์ทราบ เพื่อเป็นประโยชน์ต่อการรักษา