หลังจากจอร์จ วอชิงตันตัดสินใจไม่ลงสมัครรับเลือกตั้งเป็นสมัยที่สาม อเมริกาก็ต้องเผชิญกับการเลือกตั้งที่เต็มไปด้วยความขัดแย้งครั้งแรก พรรค Federalist ส่ง John Adams ลงแข่งขัน ส่วน Thomas Jefferson เป็นตัวแทนของ Democratic-Republican ซึ่งทั้งสองมีแนวคิดตรงข้ามกันอย่างสิ้นเชิง
2
John Adams สนับสนุนรัฐบาลกลางที่เข้มแข็งและใกล้ชิดกับอังกฤษ ขณะที่ Thomas Jefferson มุ่งเน้นเสรีภาพของประชาชนและสนับสนุนเกษตรกรรม โดยต้องการเป็นพันธมิตรกับฝรั่งเศส การแข่งขันระหว่างทั้งสองกลายเป็นจุดเริ่มต้นของการแบ่งแยกทางการเมืองที่ชัดเจน
3
ผลการเลือกตั้งในปี 1796 เป็นไปอย่างสูสี โดยที่ John Adams ชนะการเลือกตั้ง และกลายเป็นประธานาธิบดีคนที่ 2 ของสหรัฐฯ ส่วน Thomas Jefferson ซึ่งได้คะแนนรองลงมา กลายเป็นรองประธานาธิบดี เนื่องจากในเวลานั้นผู้ที่ได้คะแนนอันดับสองจะได้รับตำแหน่งรองประธานาธิบดีโดยอัตโนมัติ
เพื่อควบคุมกระแสต่อต้านรัฐบาล Adams จึงออกกฎหมาย Alien and Sedition Acts ซึ่งให้อำนาจรัฐบาลจับกุมและเนรเทศชาวต่างชาติที่ถูกมองว่าเป็นภัยคุกคาม รวมถึงควบคุมการวิพากษ์วิจารณ์รัฐบาล กฎหมายนี้ถูกมองว่าเป็นการจำกัดเสรีภาพประชาชน และถูกวิจารณ์อย่างหนักจากฝ่ายของ Jefferson
8
Thomas Jefferson และ James Madison ตอบโต้ด้วยการเขียน Virginia and Kentucky Resolutions โดยเสนอแนวคิดว่าแต่ละรัฐสามารถปฏิเสธกฎหมายของรัฐบาลกลางได้หากเห็นว่าไม่เป็นธรรม แนวคิดนี้กลายเป็นรากฐานของทฤษฎี Nullification ซึ่งมีอิทธิพลต่อการเมืองอเมริกาในภายหลัง