สภาวะของ Game Freak ในเวลานั้นต้องเรียก่า เหมือนขอนไม้ที่จะจมมิจมแหล่ แต่ในที่สุดได้รับความช่วยเหลือจาก “มิยาโมโตะ ชิเงรุ” ผู้อยู่เบื้องหลังเกมที่ประสบความสำเร็จมากที่สุด ทั้ง Mario, Donkey Kong และ The Legend of Zelda
มิยาโมโตะทำงานให้กับนินเทนโดมาตั้งแต่กลางทศวรรษ 1970 ซึ่งเป็นคนเก่าคนแก่ที่แม้แต่ประธานของบริษัทยังต้องรับฟังความคิดเห็น และได้ช่วยพูดจนนินเทนโดยอมรับไอเดียของทาจิริ และทำข้อตกลงกับ Game Freak อย่างเป็นทางการ
มิยาโมโตะได้ชื่อว่าเป็น “อาจารย์” ที่ทาจิริเคารพนับถือมาก เพราะเขาเข้ามาช่วยสอนงานการสร้างเกมทั้งหมดให้กับ Game Freak แบบชนิดที่ว่าแทบจะจับมือสอน จนโปเกมอนเริ่มเป็นรูปเป็นร่างขึ้นเรื่อย ๆ
มิยาโมโตะยังเป็นผู้ที่เสนอแนะให้มีการทำโปเกมอนที่แตกต่างกัน 2 ภาค โดยให้แต่ละภาคมีโปเกมอนที่อีกภาคไม่มี ดังนั้น หากผู้เล่นต้องการสะสมโปเกมอนให้ครบ พวกเขาจะต้องแลกเปลี่ยนกับคนที่มีเวอร์ชันอื่นอยู่ เป็นการตอบโจทย์ความต้องการของทาจิริที่ต้องการให้เกมของพวกเขามีการแลกเปลี่ยนมอนสเตอร์ที่จับและสะสมมา ทำให้โปเกมอนเวอร์ชันแรกออกมาเป็นภาค Pokemon Red และ Pokemon Green นั่นเอง
การพัฒนาเกมโปเกมอนภาคดั้งเดิมกินเวลานานถึง 6 ปีตั้งแต่เริ่มคิดจนถึงวางจำหน่าย ในช่วงเวลาดังกล่าว Game Freak ได้ทำงานในโปรเจ็กต์อื่น ๆ ควบคู่ไปด้วย เช่น Pulseman, Mario & Wario และ Yoshi เพื่อให้บริษัทดำเนินกิจการต่อไปได้
จนที่สุดแล้ว Pokemon Red และ Pokemon Green ได้วางจำหน่ายในญี่ปุ่นครั้งแรกวันที่ 27 ก.พ. 1996
Pokemon Red และ Pokemon Green เกมโปเกมอนเวอร์ชันแรกสุด
เดิมที Pokémon Red และ Pokemon Green นั้นมีกำหนดวางจำหน่ายในเดือน ต.ค. 1995 ก่อนถึงช่วงเทศกาลวันหยุด แต่สุดท้ายต้องเลื่อนวันวางจำหน่ายออกไปเป็นเดือน ก.พ. 1966
โปเกมอนกลายเป็นที่รู้จักทั่วประเทศญี่ปุ่น และทำให้ Game Freak, นินเทนโด และ Creatures เริ่มหมายตาตลาดต่างประเทศ แม้จะไม่มั่นใจนักก็ตาม โดยได้ตั้งบริษัท The Pokemon Company เพื่อดูแลแฟรนไชส์โปเกมอน และทั้งสามบริษัทถือเป็นเจ้าของร่วมมาจนถึงทุกวันนี้
จากนั้นในปี 1998 โปเกมอนได้บุกแผ่นดินสหรัฐฯ เป็นครั้งแรก ด้วยการ์ตูนแอนิเมชัน ตามด้วยวิดีโอเกม Pokemon Red และ Pokemon Blue โดยภาคกรีนถูกเปลี่ยนเป็น Blue เนื่องจากฝ่ายการตลาดเชื่อว่า สีแดงกับสีน้ำเงินซึ่งเป็นสีธงชาติสหรัฐฯ น่าจะได้รับความนิยมมากกว่าแดง-เขียว รวมถึงย่อคำว่า Pocket Monster ให้เหลือเพียง Pokemon เพื่อให้เข้าปากชาวต่างชาติ
Pokemon Red และ Pokemon Blue เกมเวอร์ชันสำหรับตีตลาดนอกญี่ปุ่น
เขายังเชื่อว่า ด้วยความที่บริษัท Pokémon เป็นบริษัทเอกชนที่ไม่มีผู้ถือหุ้น ทำให้สามารถมุ่งเน้นไปที่การพัฒนาทุกอย่างที่เกี่ยวกับโปเกมอนได้โดยไม่ต้องสนใจอะไร