เดิมทีประวัติศาสตร์กระแสหลักของญี่ปุ่นระบุว่า บรรพบุรุษของคนญี่ปุ่นมาจากคนสองกลุ่ม กลุ่มแรกคือชาวโจมง (Jomon ราว 14,500-1,000 ปีก่อนคริสตกาล) ที่มีวิถีชีวิตแบบล่าสัตว์หาของป่า และมีวัฒนธรรมเครื่องปั้นดินเผา
ชาวโจมงมีลักษณะพันธุกรรมที่ใกล้ชิดกับคนเอเชียตะวันออกเฉียงใต้กลุ่มไต้หวัน และคนเอเชียตะวันออกเฉียงเหนือกลุ่มคาบสมุทรเกาหลีและไซบีเรีย