จึงโปรดเกล้าให้กรมหมื่นไกสรวิชิตมาเป็นนายงานทำการควบคุมสร้างพระอุโบสถขึ้นใหม่ ให้หันหน้าไปทางคลองบางวัวทองอยู่เคียงกับกุฏิสงฆ์ของเดิม พร้อมกับได้สร้างกุฏิขึ้นใหม่อีกหมู่หนึ่งตรงมุมพระอุโบสถด้านใต้อีกด้วย และเมื่อแรกขุดพระอุโบสถนั้น พบพระกัจจายน์องค์หนึ่ง กับสังข์ตัวหนึ่ง
เฉพาะสังข์ชำรุดเพราะแรงจอบเสียมที่ขุด ส่วนพระกัจจายน์ที่ขุดได้ครั้งนั้นให้เก็บรักษาไว้เป็นพระคู่อาราม