หากผู้ป่วยมีปัจจัยร่วมบางประการเราจะไม่พิจารณานำผู้ป่วยมาใช้เครื่อง ECMO เช่น ผู้ป่วยโรคมะเร็งระยะสุดท้าย, ผู้ป่วยที่ใช้เครื่องช่วยหายใจมาเป็นระยะเวลานาน หรือผู้ป่วยที่มีภาวะ Aortic Regurgitation/Dissection เป็นต้น นอกจากนี้ยังพบมีผลข้างเคียงบางประการจากการใช้เครื่อง ECMO ไม่ว่าจะเป็น ภาวะเลือดออกในสมอง, ภาวะขาดเลือดไปเลี้ยงที่ขา (ในกลุ่มผู้ป่วยที่ใช้ ระบบ Veno-Arterial ECMO), ภาวะเม็ดเลือดแดงแตก, ภาวะติดเชื้อ, ภาวะเกล็ดเลือดต่ำ เป็นต้น ซึ่งแพทย์และพยาบาล ต้องเฝ้าระวังและดูแลผู้ป่วย อย่างใกล้ชิด ตลอดเวลา 24 ชั่วโมง