และเมื่อเก็บตัวอย่าง DNA เพื่อเทียบเคียงกับ DNA ของม้าสายพันธุ์ต่างๆ ทั่วโลก ปรากฎว่า DNA ของม้าที่เก็บจากตัวอย่างม้าในชุมชนจังหวัดลำปาง แตกต่างจากม้าที่ผสมพันธุ์โดยมนุษย์ และน่าจะเป็น DNA ของม้าที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติมากกว่า
อย่างไรก็ตาม DNA ที่ว่านั่นก็พบอยู่เพียง 20% ของม้าพื้นเมืองไทยเท่านั้นอันเนื่องจากความนิยมในการเอาม้าพื้นเมืองไปผสมข้ามสายพันธุ์เพื่อให้ได้ลักษณะและคุณสมบัติม้าที่ต้องการ ซึ่งเป็นการทำลาย DNA ตามธรรมชาติของม้าดั้งเดิมไป