จนกระทั่งในปี ค.ศ.1860 ร็อคกี้เฟลเลอร์จึงหันมาเปิดบริษัทร่วมกับมัวร์ริซ คลาร์ก เพื่อนสนิท โดยใช้ชื่อว่า 'คลาร์กแอนด์ร็อคกี้เฟลเลอร์' ทำธุรกิจตัวแทนจำหน่ายผลผลิตทางการเกษตรและเครื่องอุปโภคบริโภค ซึ่งกิจการของทั้งคู่ประสบความสำเร็จอย่างงดงาม เนื่องจากอเมริกากำลังเผชิญกับสงครามกลางเมือง ทำให้เกิดความต้องการเครื่องอุปโภคบริโภคเป็นจำนวนมาก ร็อคกี้เฟลเลอร์พยายามขยับขยายธุรกิจของตนไปสู่การค้าน้ำมัน จนมีโรงกลั่นน้ำมันป็นของตัวเองในปี ค.ศ.1863 แต่ด้วยความขัดแย้งในการทำธุรกิจระหว่างหุ้นส่วน ร็อคกี้เฟลเลอร์จึงตัดสินใจแยกตัวออกไปตั้ง 'บริษัท ร็อคกี้เฟลเลอร์, แอนดรูวส์ และแฟลกเลอร์' ร่วมกับ แซมมวล แอนดรูวส์ นักเคมี และเฮนรี แฟลกเกอร์ นักอุตสาหกรรม ดำเนินธุรกิจน้ำมันอย่างเต็มตัว ในปี ค.ศ.1867